Việc chẩn đoán nhiễm vi rút rota thông thường theo sau chẩn đoán viêm dạ dày ruột (gastroenteritis) khi xác định nguyên nhân gây tiêu chảy nặng. Hầu hết trẻ em nhập viện vì viêm dạ dày ruột được khám vi rút rota loại A.[47][48] Các chẩn đoán y tế cụ thể về sự nhiễm vi rút rota loại A được thực hiện bằng cách tìm vi rút trong phân trẻ em bằng enzyme miễn dịch. Có một số bộ kiểm tra được cấp phép trên thị trường mà nhạy và đặc trưng cho vi rút rota loại A, có khả năng xác định mọi loại huyết thanh của chúng.[49][50] Những phương pháp khác, nhờ kính hiển vi điện tử và gel điện di polyacrylamit (polyacrylamide gel electrophoresis), được sử dụng trong các phòng thí nghiệm.[51] Phản ứng chuỗi trùng hợp phiên mã ngược (reverse transcription-polymerase chain reaction) (RT-PCR) có thể phát hiện và xác định tất cả loài và loại huyết thanh của vi rút rota ở người.[52]